Todas as pinturas contaram com um processo complexo, começando pela limpeza de vernizes, retoques e repintes antigos e por novos retoques, aplicados através do uso de resinas específicas para restauro utilizando pigmentos semelhantes aos originais. Durante o processo de pesquisa da obra O Capitão Andries van Hoorn, o brasão no canto superior direito chamou a atenção. Trata-se de um elemento não-original, adicionado posteriormente à pintura. Mesmo não fazendo parte da intenção original do artista, a equipe de conservação decidiu manter o elemento por sua importância histórica e visual na composição — inclusive em sua relação com o público paulistano. O processo, acompanhado por um comitê científico internacional, composto por especialistas de diferentes museus e instituições, contou com o trabalho de duas conservadoras do MASP — Aline Assumpção e Sofia Hennen — e com a conservadora Liesbeth Abraham, do Frans Hals Museum.